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统计图片中拟南芥下胚轴的方法

高海霞 |  2022-11-23  | DOI: 10.21769/BioProtoc.v1067
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视频简介通过用Image J软件和Graphpad prism软件收集并处理拟南芥下胚轴数据。
  • 视频介绍
一、视频摘要

下胚轴长度变化是反应植物受昼夜节律、温度以及光照变化的重要指标[1-2]。在测量拟南芥本体下胚轴过程中,往往会对拟南芥的造成伤害,不利于后续的实验和数据测量,所以一种准确且不伤苗的测量方法必不可少。本视频结合Image J软件和Graphpad prism软件收集并处理了拟南芥下胚轴数据。

二、关键词(3-5 个关键词便于被搜索

下胚轴、Image J软件、Graphpad prism软件

三、实验样品信息,试剂、耗材或仪器

1. 样品信息

拟南芥照片

2. 试剂和耗材

3. 仪器和软件

普通电脑、

Image J软件、

Graphpad prism软件

四、实验操作

第一步 用Image J软件打开需要测量下胚轴的植物图片

双击Image J图标,打开软件,依次点击,Fileopen,选择需要测量的图片,打开。

第二步 设置比例尺

选择直线工具,量取一段已知长度,然后,依次点击,AnalyzeSet scale

Know distance中输入我们的已知长度,在Unit of length中输入长度单位,点击OK

第三步 测量下胚轴

用放大工具,放大要测量的部位,切换为折线工具,沿着植物下胚轴描边,在英文输入状态下,按“M”键,按“Esc”键,取消选择;

重复这一步,直到测量结束;

第四步 保存数据

依次点击数据表对话框中,FileSave as,修改文件名,点击保存;

第五步 作图

汇总数据后,打开GraphPad Prism软件,选择合适的数据模板,点击创建,通过复制粘贴的方式导入数据,该软件能够自动生成需要的图表,只需双击需要改动的部分即可对图表进行修改;

如果有多张数据图表,可以通过点击左侧布局按钮,根据作图数目或组图需要选择布局格式,然后,双击位点就可以选择插入的数据图,点击确定,适当调整插入的结果图片,然后依次点击文件,导出,选择合适的文件格式,点击确定就可以导出结果;

五、注意事项

1.选用的图片能够清晰看到拟南芥下胚轴的结构;

2.选用的图片中必须有一段已知长度;

3.测量时,描完下胚轴后的最后一个位点不要移动,否则测量结果不准确;

4.测量时,一定要在英文状态下按“M”键;

5.在完成一次测量后,一定要按“ESC”键取消描边,否则会影响下一次的测量。

六、结果分析(可选)

七、参考文献(可选)

[1]Ince Yetkin Çaka,Krahmer Johanna,Fiorucci Anne-Sophie et al. A combination of plasma membrane sterol biosynthesis and autophagy is required for shade-induced hypocotyl elongation.[J] .Nat Commun, 2022, 13: 5659.

[2]Laosuntisuk Kanjana,Doherty Colleen J,The intersection between circadian and heat-responsive regulatory networks controls plant responses to increasing temperatures.[J] .Biochem Soc Trans, 2022, 50: 1151-1165.

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