分子医学所代谢组学平台于2017年5月正式建立，现有Waters Synapt G2-Si高分辨淌度质谱和三重四级杆质谱，具备非靶向代谢组学，靶向代谢组学和代谢流的完整技术能力，有完善的定性定量代谢物检测全平台。目前集中于能量代谢，脂代谢，DNA修饰和氨基酸代谢检测方面提供方法开发和检测服务。深度服务于分子医学所和生物系各研究组，并与北医三院，复旦大学，中国农大，北京化工大学质谱平台等校外单位展开了科研合作。